교과부가 특정 역사교과서에 대해 일방적으로 내린 수정명령과 관련한 재판에서 교과서 저자들이 형평성을 잃은 수정 지시이며 저자의 의견은 반영하지 않는 등 문제가 있다고 비판했다.
　
저자인 김한종 한국교원대 교수는 지난 10일 서울행정법원 101호 법정에서 진행된 교과부의 금성출판사 한국근·현대사 교과서 수정명령 취소 행정소송 6차 공판에서 "수정지시에 앞서 나온 수정권고안에 대한 저자들의 의견을 냈는데도 교과서포럼 등 특정단체의 주장을 그대로 수용해 일방적으로 지시했다"고 지적했다.
　
이에 앞선 지난 9월 서울중앙지법은 김한종 교수 등이 낸 저작인격권 침해정지 청구 소송에서 "일부 임의 수정된 부분의 부적절성이 인정되므로 해당 교과서의 발행 판매 및 배포를 중단하라"고 원고 승소 판결을 내린 바 있다.